انتقل محمد عيسى إلى القاهرة في سن الخامسة حيث نشأ وتربى وتعلم بها جميع المراحل التعليمية من الإبتدائية حتى المراحل العليا. ودرس العلوم الإسلامية معظمها في صباه، وهو حاصل على شهادة بكالوريوس في الآداب من قسم اللغات والدراسات الشرقية في جامعة القاهرة، وكذلك حاصل على دبلومة الدراسات العليا في الآثار المصرية من قسم الآثار المصرية بكلية الآثار في جامعة القاهرة بتقدير جيد جدا، وحصل أيضا منها على إجازة الدبلومة العليا في آثار ما قبل التاريخ بتقدير ممتاز عام 2001.